Bibliothèque de codes pour l’adaptation infranationale des interventions contre le paludisme
Version française
À propos
Une référence ouverte de codes R et Python développée par la communauté, pour les analyses couramment utilisées dans l’adaptation infranationale (SNT) des interventions antipaludiques. Ce n’est ni un manuel SNT, ni un jeu de données, ni un plan d’analyse pays clé en main.
Qu’est-ce que la bibliothèque de codes SNT ?
L’adaptation au niveau infranational (SNT) consiste à adapter la réponse d’un pays à une maladie au niveau infranational afin de tenir compte et de traiter de manière appropriée les hétérogénéités locales en matière de transmission, ses déterminants et l’impact probable des différentes stratégies d’intervention. Les données, l’analyse et la modélisation jouent un rôle important dans certaines étapes du processus SNT pour mieux comprendre le contexte épidémiologique et opérationnel et orienter la conception des interventions.
Les étapes du processus SNT sont conçues pour s’aligner sur les processus standard de planification et de mise en œuvre de la lutte contre le paludisme et fournir des données supplémentaires. L’OMS a publié des orientations à l’intention des pays sur la préparation des plans stratégiques nationaux de lutte contre le paludisme (PSNP) et les revues de programme, plans opérationnels et estimations des coûts associés, alignés sur les plans nationaux du secteur de la santé. Le SNT doit s’inscrire dans ces processus et calendriers : il ne s’agit pas d’un processus distinct, car il vise à éclairer directement les revues de programme, les PSNP, la mobilisation des ressources et la mise en œuvre. L’OMS a publié son Manuel pour l’adaptation infranationale des interventions antipaludiques en octobre 2025.
De nombreuses étapes du SNT nécessitent une analyse : descriptive, statistique, géospatiale, mathématique, économique et financière, entre autres. Bien qu’il n’existe pas d’analyse standardisée pour le SNT, il existe des étapes communes à presque tous les pays ayant mené un exercice SNT. Après avoir réalisé le SNT dans plus de 30 pays, les analystes se sont réunis pour partager leurs expériences et leurs codes. La bibliothèque de codes SNT développée par la communauté est le résultat de ce partage.
La bibliothèque de codes SNT fournit des codes expliqués et de qualité garantie en tant que ressource publique de référence pour :
- Partager l’expérience des exercices SNT passés avec les nouvelles équipes pays
- Améliorer la qualité et la reproductibilité grâce à des codes testés et des bonnes pratiques documentées
- Rendre les méthodes SNT plus accessibles via des exemples de code organisés et adaptables
- Proposer un contenu bilingue (français et anglais) avec R et Python en parallèle lorsque c’est pertinent
- Fournir des exemples complets de bout en bout sur un jeu de données pédagogique (Sierra Leone)
- Expliquer comment chaque analyse est réalisée et pourquoi, y compris les hypothèses et les contrôles de validation
- Couvrir les briques analytiques communes du SNT : assemblage des données, stratification et revue des interventions
Nous restons responsables de l’adaptation du code de cette bibliothèque aux besoins de l’équipe SNT locale et à la réalité du pays.
- Fournir des orientations pour la conduite du SNT (voir le Manuel pour l’adaptation infranationale des interventions antipaludiques de l’OMS)
- Prescrire un plan d’analyse étape par étape : tous les codes ne seront pas pertinents pour chaque pays, et tous nécessiteront une adaptation
- Fournir les données pays : nous devons apporter nos propres données de routine, d’enquête et spatiales. Les données de la Sierra Leone sont un exemple pédagogique uniquement
- Remplacer la connaissance épidémiologique locale, l’expérience programmatique ou le jugement de l’équipe pays
- Couvrir l’ensemble du processus SNT : l’engagement des parties prenantes, la priorisation, l’estimation des coûts et l’intégration au PSNP sortent de son périmètre
- Enseigner R ou Python : une familiarité de base avec au moins un de ces langages est supposée
- Fonctionner comme un tableau de bord ou un outil interactif : nous exécutons le code sur nos propres machines
Bien que la bibliothèque de codes SNT s’appuie sur l’expérience acquise avec le SNT appliqué au paludisme, des approches similaires pourraient également être utilisées pour d’autres maladies et adaptées si nécessaire.
Par où commencer
Cette bibliothèque est disponible en français et en anglais. Utilisez le sélecteur de langue dans la barre de navigation pour passer d’une version à l’autre.
Si vous découvrez la bibliothèque, commencez par le guide d’orientation correspondant à votre rôle :
- Pour commencer : Pour tous : introduction non technique au SNT et à la bibliothèque
- Pour commencer : Pour l’équipe SNT : orientation pour les équipes SNT en pays
- Pour commencer : Pour les analystes : orientation pour celles et ceux qui exécutent les analyses
Remerciements
Remerciements particuliers
Nous remercions sincèrement le Dr Abdul Mac Falama et M. Musa Sillah-Kanu du Programme National de Lutte contre le Paludisme en Sierra Leone (SLNMCP) d’avoir autorisé l’utilisation des données de routine de la Sierra Leone comme outil pédagogique pour cette bibliothèque de codes.
Cette bibliothèque de codes n’aurait pas vu le jour sans les contributions de nombreuses personnes de la communauté d’analyse SNT. Nous remercions sincèrement toutes les personnes qui ont contribué au code, développé des pages, testé du code et révisé les contenus.
Responsables du projet
| Nom | Institution |
|---|---|
| Jaline Gerardin | AHADI |
| Mohamed Yusuf | AHADI |
Développeurs
| Nom | Institution |
|---|---|
| Asha Ali | AHADI |
| Ousmane Diallo | Northwestern University |
| Bea Galatas | AHADI |
| Mohamed Kanu | Northwestern University |
| Tabitha Wayua Muema | AHADI |
| Silas Mbivya Mwandikwa | AHADI |
| Chricencia Winny Odhach | AHADI |
| Samuel Oppong | Malaria Atlas Project, The Kids Research Institute Australia, et National Malaria Elimination Program du Ghana |
| Safa Siddiqui | Northwestern University |
| Sumaiyya Thawer | Swiss Tropical and Public Health Institute |
| Valérian Turbé | Clinton Health Access Initiative |
Contributeurs
| Nom | Institution |
|---|---|
| Victor Alegana | Organisation mondiale de la santé, Région africaine, Precision Public Health Metrics Unit |
| Celestin Danwang | Organisation mondiale de la santé, Région africaine, et Clinton Health Access Initiative |
| Tobias Holden | Northwestern University |
| Anna Makido | Harvard T.H. Chan School of Public Health |
| Christina Matta | Harvard T.H. Chan School of Public Health |
| Mujahid Nouredayem | Organisation mondiale de la santé, Global Malaria Programme |
Réviseurs
| Nom | Institution |
|---|---|
| Kate Battle | Institute for Disease Modeling |
| Justin Millar | PATH |
| Ricky Richter | AHADI |
| Hayley Thompson | PATH |
Financement
La bibliothèque de codes SNT est financée par la Gates Foundation.
Licence
La bibliothèque de codes SNT est diffusée sous deux licences complémentaires :
- Code (R, Python et autres fichiers source) : Licence MIT
- Documentation et prose (texte, figures et tutoriels) : Creative Commons Attribution 4.0 International (CC-BY-4.0)
Vous êtes libre de réutiliser, adapter et redistribuer ce matériel, sous réserve d’attribution appropriée.
Avertissement
Les opinions et approches analytiques présentées dans cette bibliothèque sont celles des contributeurs et ne reflètent pas nécessairement les vues de l’OMS ou de toute autre institution citée. Les conclusions sont également celles des contributeurs et ne reflètent pas nécessairement les positions ou politiques de la Gates Foundation.
Le code est fourni en l’état, sans garantie d’aucune sorte. Nous sommes responsables de vérifier que le code est adapté à nos données, à notre contexte et à notre cas d’usage, et de l’adapter en conséquence.
L’utilisation du code de cette bibliothèque n’implique aucune revue, validation ou approbation, par un contributeur, une institution partenaire ou un bailleur, de l’analyse d’un utilisateur ou de ses conclusions.
Le formulaire de contact, les issues GitHub et les canaux de courriel servent à améliorer la bibliothèque elle-même. Ils ne constituent pas un canal de support technique pour les adaptations ou pipelines spécifiques à un pays.
Contactez-nous
Nous apprécions vos questions, vos commentaires et vos contributions. Voici comment nous contacter selon vos besoins :
Soumettre une question ou un commentaire
Si vous avez une question concernant le contenu de la bibliothèque, une suggestion à faire ou si vous avez trouvé une erreur, veuillez la soumettre à la boîte à suggestions de la bibliothèque de codes en remplissant ce formulaire.
Contribuer à la bibliothèque
La bibliothèque est développée ouvertement sur GitHub à l’adresse ahadi-analytics/snt-code-library. Si vous souhaitez contribuer, veuillez contacter info@appliedhealthanalytics.org avec une demande d’ajout en tant que contributeur et une brève description de ce que vous souhaitez apporter. Les rapports de bogues et les suggestions peuvent également être ouverts directement sous forme d’issues GitHub.
Les contributeurs sont attendus pour interagir de manière respectueuse et constructive avec les réviseurs et les autres contributeurs.
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Comment citer
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