Acronymes et bibliothèque de ressources

Version française

Acronymes utilisés dans la bibliothèque de codes SNT, regroupés par domaine, suivis d’une bibliothèque de ressources qui renvoie à chaque chapitre et page du site. Il s’agit d’une référence évolutive : merci de signaler toute entrée manquante ou incorrecte via le formulaire de suggestion ou en ouvrant une issue GitHub.

Acronymes

SNT et planification nationale

Acronyme	Signification
M&E / S&E	Suivi et évaluation
MPR	Revue du programme de lutte contre le paludisme
MTR	Revue à mi-parcours du programme de lutte contre le paludisme
NMP / PNLP	Programme national de lutte contre le paludisme
NMSP / PSNP	Plan stratégique national de lutte contre le paludisme
SNT	Adaptation infranationale des interventions contre le paludisme (subnational tailoring)

Organisations

Acronyme	Signification
AHADI	Applied Health Analytics for Delivery and Innovation
UNHCR	Haut Commissariat des Nations Unies pour les réfugiés
USAID	Agence des États-Unis pour le développement international
WHO / OMS	Organisation mondiale de la santé
WHO AFRO / OMS AFRO	Bureau régional de l'OMS pour l'Afrique
WHO GMP / OMS GMP	Programme mondial de lutte contre le paludisme de l'OMS

Enquêtes

Acronyme	Signification
DHS / EDS	Enquête démographique et de santé
MICS	Enquête par grappes à indicateurs multiples
MIS / EIP	Enquête sur les indicateurs du paludisme

Les fichiers de données DHS sont communément distribués selon le type de recodage :

Code	Recodage DHS
BR	Recodage des naissances (birth recode)
GE	Recodage géographique (positions des grappes)
HR	Recodage des ménages (household recode)
IR	Recodage individuel (femmes)
KR	Recodage des enfants (kids recode)
PR	Recodage des personnes (membres du ménage)

Données du système de santé de routine

Acronyme	Signification
ANC / CPN	Soins prénatals
CHW / ASC	Agent de santé communautaire
DHIS2	District Health Information System 2
HF / FS	Formation sanitaire (health facility)
HMIS / SNIS	Système national d'information sanitaire
IPD	Service d'hospitalisation (inpatient department)
LMIS / SIGL	Système d'information de gestion logistique
OPD	Consultations externes

Données spatiales et SIG

Acronyme	Signification
adm0 / adm1 / adm2 / adm3	Niveau administratif national / premier / deuxième / troisième niveau infranational
CRS / SCR	Système de coordonnées de référence
EPSG	European Petroleum Survey Group (codes de paramètres géodésiques)
GADM	Global Administrative Areas (ensemble de données de limites administratives)
GDAL	Geospatial Data Abstraction Library
GIS / SIG	Système d'information géographique
GPS	Système de positionnement global
QGIS	Quantum GIS (logiciel SIG open source)
UTM	Universal Transverse Mercator (système de coordonnées projetées)

Données climatiques et environnementales

Acronyme	Signification
AVHRR	Advanced Very High Resolution Radiometer
CHIRPS	Climate Hazards Group InfraRed Precipitation with Station data
CRU	Climatic Research Unit (University of East Anglia)
GPM	Global Precipitation Measurement

Estimations modélisées et population

Acronyme	Signification
IHME	Institute for Health Metrics and Evaluation
INLA	Approximation de Laplace imbriquée intégrée
MAP	Malaria Atlas Project
PfPR	Taux de parasitémie à Plasmodium falciparum
WorldPop	Ensemble de données de population maillées WorldPop

Diagnostic et prise en charge des cas de paludisme

Acronyme	Signification
ACT / CTA	Combinaison thérapeutique à base d'artémisinine
HRP2 / HRP3	Histidine-rich protein 2 / 3 (antigènes de P. falciparum détectés par TDR)
LDH	Lactate déshydrogénase (antigène du paludisme détecté par TDR)
RDT / TDR	Test de diagnostic rapide
TPR	Taux de positivité des tests
TSR	Taux de recours aux soins

Interventions préventives contre le paludisme

Acronyme	Signification
IPTi	Traitement préventif intermittent chez le nourrisson (désormais PMC, voir ci-dessous)
IPTp / TPIg	Traitement préventif intermittent pendant la grossesse
IPTp-SP	TPIg avec sulfadoxine-pyriméthamine
IRS / PID	Pulvérisation intradomiciliaire d'insecticide à effet rémanent
ITN / MII	Moustiquaire imprégnée d'insecticide
LLIN / MILDA	Moustiquaire imprégnée d'insecticide à longue durée d'action
PMC	Chimioprévention pérenne du paludisme (anciennement IPTi)
RTS,S	Vaccin antipaludique RTS,S/AS01 (Mosquirix)
R21	Vaccin antipaludique R21/Matrix-M
SMC / CPS	Chimioprévention saisonnière du paludisme

Autres santé publique

Acronyme	Signification
BCG	Bacille de Calmette et Guérin (vaccin antituberculeux)
COVID	Maladie à coronavirus (généralement COVID-19)
DTP	Vaccin combiné contre la diphtérie, le tétanos et la coqueluche
HIV / VIH	Virus de l'immunodéficience humaine
IDP / PDI	Personne déplacée à l'intérieur de son propre pays
TB	Tuberculose
U5MR	Taux de mortalité des enfants de moins de cinq ans
WRA / FAR	Femmes en âge de reproduction

Statistiques et méthodes

Acronyme	Signification
CI / IC	Intervalle de confiance
PSU / UPS	Unité primaire de sondage
SE / ET	Erreur type

Bibliothèque de ressources

Ressources externes référencées dans la bibliothèque de codes SNT, regroupées par thème. Celles-ci incluent des portails de données, des directives techniques, des supports d’apprentissage et de la documentation logicielle qui sous-tendent les flux de travail sur ce site.

Orientations OMS

Ressource	Description
Manuel OMS sur le SNT	Orientations pour l'adaptation infranationale des interventions contre le paludisme.
Principes directeurs de l'OMS pour la priorisation	Cadre de l'OMS pour la priorisation des interventions antipaludiques dans les contextes à ressources limitées ; guide les étapes de priorisation du processus SNT.
Manuel pratique pour la MPR et la MTR	Manuel pratique de l'OMS AFRO pour la conduite des revues de programme de lutte contre le paludisme (MPR) et des revues à mi-parcours (MTR) du plan stratégique national de lutte contre le paludisme.
Programme mondial de lutte contre le paludisme de l'OMS	Orientations techniques, politiques et stratégie du programme de l'OMS qui coordonne la riposte mondiale contre le paludisme.
Directives de l'OMS pour le paludisme	Recommandations consolidées de l'OMS sur la prévention, le diagnostic, le traitement et la surveillance du paludisme.
Rapport mondial sur le paludisme	Évaluation annuelle de l'OMS des progrès mondiaux dans la lutte contre le paludisme et son élimination.
Forte charge au fort impact (HBHI)	Approche dirigée par l'OMS AFRO et le RBM à l'origine de l'adaptation infranationale des interventions contre le paludisme.

Boîte à outils AHADI pour le SNT

Ressource	Description
Feuille de route pour le processus SNT	Outil complet de planification et de calendrier, liste de ressources et liste de vérification des données pour l'ensemble du processus SNT et des activités connexes telles que les MPR/MTR et l'évaluation de la surveillance.
Feuille de route pour le développement d'un référentiel national de données sur le paludisme (NMDR)	Outil de planification axé sur les activités pour le développement et le renforcement des référentiels nationaux de données sur le paludisme (NMDR).
Termes de référence du processus SNT	Modèle de termes de référence pour l'ensemble du processus SNT.
Termes de référence de l'équipe SNT	Termes de référence pour la mise en place de l'équipe SNT.
Profil de l'analyste SNT	Qualifications et compétences pour guider le recrutement d'analystes capables d'exécuter l'analyse SNT.

Portails de données sur le paludisme

Ressource	Description
Observatoire mondial de la santé de l'OMS	Répertoire de l'OMS des statistiques sanitaires au niveau national, y compris les indicateurs du paludisme.
Malaria Atlas Project (MAP)	Estimations modélisées et surfaces pour la prévalence du paludisme, l'incidence, la présence de vecteurs et la couverture des interventions.
Étude sur la charge mondiale de morbidité de l'IHME	Estimations de l'IHME sur la mortalité et la morbidité par cause, âge, sexe et localisation.
Plateforme d'échange de données mondiales sur la santé de l'IHME	Catalogue et portail de téléchargement des ensembles de données et surfaces modélisées de l'IHME.

Programmes d’enquêtes auprès des ménages

Ressource	Description
Programme DHS	Source pour les microdonnées et les rapports de l'Enquête démographique et de santé (EDS) et de l'Enquête sur les indicateurs du paludisme (EIP).
Guide des statistiques DHS	Référence méthodologique pour les indicateurs, les pondérations et la conception utilisés dans les enquêtes de type EDS.
MICS de l'UNICEF	Source pour les données et la documentation de l'Enquête par grappes à indicateurs multiples (MICS).
Documentation des données spatiales DHS	Référence pour les données GPS des grappes DHS, le déplacement et les covariables géospatiales.

Surveillance de routine et systèmes de santé

Ressource	Description
DHIS2	Système d'information de gestion de la santé open source utilisé par la plupart des plateformes SNIS nationales.
Documentation DHIS2	Documentation de mise en œuvre, d'utilisation et de développement pour DHIS2.
DHIS2 Play (instance de démonstration)	Serveur de démonstration DHIS2 public utile pour tester les extractions et les requêtes.
Évaluation harmonisée des formations sanitaires de l'OMS	Cadre standardisé pour évaluer la préparation et la qualité des services de santé.

Données spatiales et de population

Ressource	Description
GADM	Base de données mondiale des limites administratives largement utilisée dans les analyses SNT.
Humanitarian Data Exchange (HDX)	Répertoire ouvert de données humanitaires et nationales, y compris les limites administratives.
Natural Earth	Ensemble de données cartographiques mondiales du domaine public utilisé pour les cartes de base et la cartographie.
OpenStreetMap	Base de données géospatiales contributive pour les routes, les établissements, les installations et plus encore.
EPSG.io	Référence interrogeable pour les systèmes de coordonnées de référence et les codes EPSG.
WorldPop	Ensembles de données de population maillées à haute résolution utilisés dans tout le chapitre sur la population.
Perspectives de la population mondiale de l'ONU	Estimations et projections des populations nationales par l'ONU.
Ressources sur les formations sanitaires de l'OMS	Références de l'OMS pour le développement de listes principales de formations sanitaires (MFL) et les évaluations SARA/SPA.

Climat et environnement

Ressource	Description
CHIRPS	Produit de précipitations quasi mondial combinant des données de stations et satellitaires, largement utilisé dans la modélisation du paludisme.
Données climatiques CRU TS	Variables climatiques mensuelles de longue durée de la Climatic Research Unit (UEA).
NASA Earthdata	Portail pour les données d'observation de la Terre de la NASA, y compris les précipitations, la température et la couverture terrestre.
USGS LP DAAC (MODIS)	Source pour la température de surface terrestre MODIS, la végétation et les produits connexes.
NASA GPM (IMERG)	Mission de mesure des précipitations mondiales, source des données de précipitations IMERG.
Élévation SRTM 90 m	Modèle numérique d'élévation mondial utilisé pour les covariables de terrain.

Ressources d’apprentissage R

Ressource	Description
R for Data Science (2e)	Manuel gratuit de Wickham & Grolemund couvrant le tidyverse de bout en bout.
Advanced R	Référence de Hadley Wickham sur les mécanismes internes de R, la programmation fonctionnelle et la métaprogrammation.
Guide de style tidyverse	Guide de style sur lequel sont basées les conventions de code R de cette bibliothèque.
Aide-mémoires Posit	Références d'une page pour dplyr, tidyr, ggplot2, sf, lubridate et plus encore.
Livre ggplot2	Référence complète pour la grammaire des graphiques en R.
Spatial Data Science with R	Manuel gratuit de Pebesma & Bivand couvrant sf, stars et terra.
Geocomputation with R	Manuel gratuit sur l'analyse géospatiale avec R.
Documentation du package sf	Référence pour le package sf utilisé dans tous les chapitres spatiaux.
Documentation du package terra	Référence pour le package terra utilisé pour les opérations raster.
Package survey	Référence pour l'estimation d'enquêtes complexes utilisée dans les analyses EDS / EIP.

Ressources d’apprentissage Python

Ressource	Description
Python for Data Analysis (3e)	Manuel gratuit de Wes McKinney sur pandas et la pile scientifique Python.
Documentation pandas	Référence pour la bibliothèque DataFrame pandas utilisée dans les flux de travail Python.
Documentation GeoPandas	Extension spatiale de pandas, l'analogue Python de sf.
Documentation rasterio	Bibliothèque d'entrée/sortie raster utilisée dans les flux de travail Python pour les données climatiques et modélisées.
Jupyter	Environnement de notebook utilisé pour les exemples Python dans la bibliothèque.

Reproductibilité et outils

Ressource	Description
Quarto	Système de publication utilisé pour construire ce site Web et ses documents bilingues.
renv	Gestionnaire d'environnement R qui verrouille les versions de packages pour la reproductibilité.
Git	Système de contrôle de version utilisé pour suivre les modifications dans la bibliothèque.
GitHub de la bibliothèque de codes SNT	Code source, problèmes et flux de travail de contribution pour cette bibliothèque.
QGIS	SIG gratuit et open source utilisé pour l'exploration interactive des données spatiales.

Méthodes statistiques et modélisation

Ressource	Description
Projet R-INLA	Approximation de Laplace imbriquée intégrée pour la modélisation spatiale bayésienne.
Inférence bayésienne avec INLA	Manuel gratuit avec des exemples INLA travaillés.
Geospatial Health Data (Moraga)	Manuel gratuit sur les méthodes de cartographie des maladies avec R-INLA.
Forecasting: Principles and Practice (3e)	Manuel gratuit de Hyndman & Athanasopoulos couvrant les méthodes de séries temporelles.